Скептики онлайн-банкинга говорят, что отправка конфиденциальных данных, таких как номера счетов, имена и адреса через сеть, даже более опасна, чем отправка с чемоданом в банк и обратно. К счастью, интернет технологии обеспечивают такую безопасность, что их практически невозможно обойти. На каждом этапе общения через Интернет выполняется ряд действий, чтобы идентифицировать клиента банка и определить, использует ли он счет законным образом.

Как и в традиционном банке, наиболее важным является подлинность подписи, так называемая цифровая подпись, часто используемая в онлайн-банках.

Существует много различных механизмов, с помощью которых электронный банкинг может быть защищен. Первый — это механизм протокола сети SSL, благодаря которому информация, проходящая через сеть, шифруется ключом, известным только отправителю и получателю сообщения. Каждый раз ключ отличается, генерируется случайным образом. Всякий раз, когда человек подключается по протоколу, проверяется сертификат подлинности банка.

Эквивалентом протокола шифрования для сети WAP является WTLS, благодаря чему элементы, отправляемые ячейкой, также являются безопасными.

У каждого клиента банка есть свой уникальный идентификатор и секретный пароль. Когда он хочет управлять своей учетной записью, он должен предоставить оба в системе входа в систему и обязан не передавать свой пароль посторонним лицам. К сожалению, все еще существует риск того, что пароль будет подсмотрен специальными шпионскими программами (к счастью, большинство антивирусных систем удаляют такое программное обеспечение).

Кроме того, при входе в систему следует часто указывать так называемый одноразовый пароль, который генерируется специальными программами или устройствами. В связи с тем, что такой пароль действителен в течение короткого времени, а затем бесполезен.